Restriktionsenzym-Finder

Eindeutige DNA in Richtung 5′→3′ als Rohsequenz oder einzelnen FASTA-Eintrag einfügen. Leerzeichen und Kleinbuchstaben sind erlaubt. Ambige Basen, Ziffern, mehrere Einträge und mehr als {max} Basen werden abgelehnt; die Sequenz wird nicht still verändert oder abgeschnitten.

Erkennung und Schnitt

Die gängigen Enzyme verwenden ihre dokumentierten Erkennungsmotive und Schnitte, markiert durch einen Schrägstrich: etwa G/AATTC bei EcoRI und /GATC bei MboI. Start ist die 1-basierte Position der linken Base im eingegebenen Strang. Schnitt nach bezeichnet die Grenze nach dieser Base; Anfang bedeutet vor Base 1. Bei Ring-DNA liegt der Schnitt nach der letzten Base an der Bindung zur ersten Base.

Beide Stränge werden durchsucht, auch überlappende Stellen. In Ring-DNA dürfen Motive den Sequenzrand überschreiten, jedoch nicht länger als das ganze Molekül sein. Palindromische Stellen erscheinen einmal. Bei asymmetrischen eigenen Motiven steht + für die eingegebene Orientierung, − für das umgekehrte Komplement und ± für beide am gleichen Start.

Eigene Motive

1–32 DNA-IUPAC-Symbole verwenden: R=A/G, Y=C/T, S=G/C, W=A/T, K=G/T, M=A/C, B=C/G/T, D=A/G/T, H=A/C/T, V=A/C/G und N=beliebige Base. Diese Motive definieren nur Erkennung, keinen Schnittversatz. Sie beeinflussen die Fragmentlängen nicht.

Verdau

Alle ausgewählten Enzyme bilden einen gemeinsamen Verdau. Gleiche Schnittgrenzen werden einmal gezählt. Die Fragmenttabelle fasst gleiche Längen zusammen und zeigt ihre Anzahl; gemessen wird entlang des eingegebenen Strangs. Ohne Enzymschnitt bleibt ein Molekül voller Länge. Ein Ring mit einem Schnitt wird zu einem linearen Fragment voller Länge. CSV exportiert alle Stellen, ausgewählte Motive ohne Treffer und jedes einzelne Fragment, unabhängig von der angezeigten Ergebnisseite.

Grenzen

Höchstens {hits} Stellen, in Gruppen von 20 angezeigt. Methylierung, Star-Aktivität, Reaktionsbedingungen, Verdauvollständigkeit, Endchemie und Gelmigration werden nicht modelliert. Unterschiedlich geschnittene Strangenden werden auf die Längenkonvention des eingegebenen Strangs reduziert; dies sagt nicht die exakte doppelsträngige Fragmentchemie vorher.