Rechner für die Schmelztemperatur des Primers

DNA in Richtung 5′→3′ eingeben, ein Primer pro Zeile. Namen sind optional: Fwd: ATGC…. Leerzeichen und Kleinbuchstaben sind erlaubt; leere Zeilen und Zeilen mit # am Anfang werden ignoriert. Bei einer ungültigen Zeile stoppt die Berechnung, damit kein Primer unbemerkt verschwindet. Höchstens {max} Primer mit je 2–{len} Basen.

Temperaturmodell

Tm verwendet die Nearest-Neighbor-Parameter für perfekt gepaarte DNA/DNA aus SantaLucia (1998), Tabelle 2, die Endkorrekturen und die längenabhängige Natrium-Entropiekorrektur (Gl. 8). Benachbarte Basen zählen: Gleiche Länge und gleicher GC-Anteil müssen keine gleiche Tm ergeben. Terminale Phosphate werden nicht angenommen.

Konzentrationen

Das Konzentrationsfeld gibt den Primerstrang in nM an. Im PCR-Modus wird die Zielstrangkonzentration vernachlässigt; die effektive Konzentration entspricht dem Primerwert. Im DNA-Duplex-Modus hat jeder unterschiedliche komplementäre Strang die eingegebene Konzentration, die effektive Konzentration ist deren Hälfte. Bei einer selbstkomplementären Sequenz gilt stattdessen die eingegebene Konzentration dieser einzigen Spezies samt Symmetrie-Entropiekorrektur.

Grenzen

Das Modell beschreibt einen perfekt gepaarten Duplex und empfiehlt keine PCR-Annealing-Temperatur. Mg²⁺, K⁺, Tris, dNTPs, DMSO, Fehlpaarungen, Haarnadeln und Dimere werden nicht modelliert. Natrium ist auf 10–1000 mM begrenzt; die Salzkorrektur wurde bei 10–300 mM angepasst. Unter 8 oder über 60 Basen beziehungsweise über 300 mM erscheint ein Extrapolationshinweis. Lange DNA kann mehrere Schmelzübergänge haben.

Der optionale Wallace-Wert, 2(A+T)+4(G+C), ist nur eine Faustregel ohne Salz- oder Konzentrationseinfluss; der übliche Bereich ist 14–20 Basen. CSV exportiert beide Schätzungen, Sequenzen und Modelleinstellungen als ungerundete, sprachunabhängige Werte.