FASTA GC-Inhalt und umgekehrtes Komplement

DNA/RNA oder mehrere FASTA-Datensätze einfügen und Analysieren wählen. Die Übersicht zeigt Länge einschließlich IUPAC-Zeichen, GC-Anteil und Anzahl unklarer Basen. Bei mehreren Datensätzen wählt die Liste die Sequenz für Ausgabe und Basenzahlen.

GC % = 100 × (G+C)/(A+C+G+T+U). Mehrdeutige IUPAC-Zeichen werden aus diesem Nenner ausgeschlossen, aber niemals gelöscht. Ohne eindeutige Basen erscheint —. Unter Basenzahlen zeigt der GC-Bereich den kleinsten und größten möglichen GC-Anteil über die gesamte Sequenz; S ist sicher GC, W sicher AT, andere Codes können gemischte Möglichkeiten haben.

Das Reverse-Komplement wird in 5′→3′-Richtung ausgegeben und erhält alle IUPAC-Zeichen, z. B. R↔Y und B↔V. Wie Eingabe verwendet U bei RNA-Datensätzen, sonst T; ohne T/U gilt DNA. Die Ausgabeauswahl ändert nur das Alphabet, nicht die Statistik der ursprünglichen Eingabe.

Kopieren übernimmt die gewählte Sequenz ohne Header. FASTA exportiert alle Reverse-Komplemente mit den ursprünglichen Headern plus RC, bei roher Sequenz sequence_1. Sequenzzeilen haben maximal 80 Zeichen. CSV enthält die Statistik aller Datensätze und aller Codes; Prozentwerte sind auf zwölf signifikante Stellen gerundet.

Leerraum und Kleinschreibung sind erlaubt. Header beginnen mit > und brauchen einen Namen. Zahlen, Lücken, sonstige Zeichen, leere Datensätze, rohe Sequenz vor einem FASTA-Header und T/U-Mischungen innerhalb eines Datensatzes werden abgewiesen. Maximal 500.000 Basen insgesamt, 200 Datensätze und eine Million Eingabezeichen; es wird nichts abgeschnitten. Alles wird lokal verarbeitet.