Recherche de sites de restriction

Coller un ADN non ambigu dans le sens 5′→3′, comme séquence brute ou entrée FASTA unique. Les espaces et minuscules sont acceptés. Les bases ambiguës, chiffres, entrées multiples et plus de {max} bases sont refusés ; la séquence n’est jamais modifiée ni tronquée silencieusement.

Reconnaissance et coupe

Les enzymes utilisent leurs motifs et coupes documentés, marqués par une barre : G/AATTC pour EcoRI, /GATC pour MboI. Début est la position, à partir de 1, de la base la plus à gauche du brin saisi. Coupe après indique la limite après cette base ; Début ADN désigne la limite avant la base 1. Sur un cercle, une coupe après la dernière base rejoint la première.

Les deux brins sont analysés, y compris les sites chevauchants. Les motifs circulaires peuvent franchir la fin de la séquence mais ne peuvent dépasser la longueur de la molécule. Un site palindromique apparaît une fois. Pour un motif personnel asymétrique, + désigne l’orientation saisie, − son complément inverse et ± les deux au même début.

Motifs personnels

Utiliser 1–32 symboles IUPAC d’ADN : R=A/G, Y=C/T, S=G/C, W=A/T, K=G/T, M=A/C, B=C/G/T, D=A/G/T, H=A/C/T, V=A/C/G et N=toute base. Ces motifs définissent une reconnaissance sans position de coupe. Ils ne modifient pas les tailles des fragments.

Digestion

Les enzymes choisies forment une digestion combinée. Les limites de coupe identiques sont comptées une fois. Le tableau regroupe les fragments de même taille et indique leur nombre ; les tailles suivent le brin saisi. Sans coupe enzymatique, une molécule entière reste. Une coupe sur un cercle donne un fragment linéaire de longueur entière. CSV exporte tous les sites, les motifs sélectionnés sans site et chaque fragment individuel, indépendamment de la page affichée.

Limites

Au maximum {hits} sites, affichés par groupes de 20. La méthylation, l’activité étoile, les conditions de réaction, l’efficacité, la chimie des extrémités et la migration sur gel ne sont pas modélisées. Les extrémités différentes des deux brins sont réduites à la convention de taille du brin saisi, sans prédiction chimique exacte du fragment double brin.