Calculateur de température de fusion des apprêts

Saisir l’ADN dans le sens 5′→3′, une amorce par ligne. Nom facultatif : Fwd: ATGC…. Les espaces et minuscules sont acceptés ; les lignes vides ou commençant par # sont ignorées. Une ligne invalide bloque le calcul pour ne perdre aucune amorce. Jusqu’à {max} amorces de 2 à {len} bases.

Modèle thermique

Tm utilise les paramètres des voisins les plus proches pour un duplex ADN/ADN parfaitement apparié, SantaLucia (1998), tableau 2, les corrections terminales et la correction entropique du sodium dépendant de la longueur (équation 8). L’ordre des bases compte : une même longueur et un même taux GC ne donnent pas toujours la même Tm. Aucun phosphate terminal n’est supposé.

Concentrations

Le champ indique la concentration du brin amorce en nM. En mode PCR, la concentration du brin cible est négligée ; la concentration effective est celle de l’amorce. En mode duplex ADN, chaque brin complémentaire distinct a la concentration saisie, et la concentration effective en vaut la moitié. Une séquence auto-complémentaire utilise plutôt la concentration saisie de cette seule espèce et la correction entropique de symétrie.

Limites

Ce modèle décrit un duplex parfaitement apparié, sans recommander de température d’hybridation PCR. Mg²⁺, K⁺, Tris, dNTPs, DMSO, mésappariements, épingles et dimères ne sont pas modélisés. Le sodium est limité à 10–1000 mM ; la correction a été ajustée à 10–300 mM. Un avertissement apparaît en dessous de 8 ou au-dessus de 60 bases, ou au-dessus de 300 mM. Un ADN long peut fondre en plusieurs transitions.

La valeur Wallace facultative, 2(A+T)+4(G+C), est une règle indicative sans effet du sel ni de la concentration, habituellement pour 14–20 bases. CSV exporte les deux estimations, les séquences et les réglages sans arrondi et indépendamment de la langue.