Contenu FASTA GC et complément inversé

Collez de l’ADN/ARN ou plusieurs séquences FASTA, puis choisissez Analyser. La vue indique la longueur avec les codes IUPAC, le pourcentage GC et le nombre de bases ambiguës. Pour plusieurs séquences, la liste choisit celle utilisée pour la sortie et les comptes.

GC % = 100 × (G+C)/(A+C+G+T+U). Les codes IUPAC ambigus sont exclus de ce dénominateur mais jamais supprimés. Sans bases non ambiguës, la valeur est —. Nombre de bases présente les pourcentages GC minimum et maximum possibles sur toute la séquence : S est certainement GC, W certainement AT ; d’autres codes ont plusieurs possibilités.

Le complément inverse est donné en direction 5′→3′ en conservant tous les codes IUPAC, par exemple R↔Y et B↔V. Comme entrée utilise U pour l’ARN, sinon T ; sans T/U, l’ADN est choisi. Ce choix modifie seulement l’alphabet, pas les statistiques de l’entrée.

Copier prend la séquence choisie sans en-tête. FASTA exporte tous les compléments inverses avec les en-têtes d’origine suivis de RC, ou sequence_1 pour une entrée brute. Les lignes comptent au plus 80 caractères. CSV contient les statistiques de toutes les séquences et codes ; les pourcentages ont douze chiffres significatifs.

Espaces et minuscules sont acceptés. Les en-têtes commencent par > et exigent un nom. Chiffres, lacunes, autres symboles, séquences vides, séquence brute avant un en-tête et T/U mélangés dans une séquence sont refusés. Maximum 500 000 bases au total, 200 séquences et un million de caractères saisis ; aucune troncature. Traitement local.