Buscador de sitios de restricción

Pega ADN no ambiguo en dirección 5′→3′ como secuencia o un único registro FASTA. Se permiten espacios y minúsculas. Se rechazan bases ambiguas, cifras, varios registros y más de {max} bases; nunca se modifica ni trunca la secuencia silenciosamente.

Reconocimiento y corte

Las enzimas usan sus motivos y cortes documentados, marcados con una barra: G/AATTC para EcoRI y /GATC para MboI. Inicio es la posición, desde 1, de la base situada más a la izquierda en la hebra introducida. Corte tras indica el límite después de esa base; Inicio ADN es el límite antes de la base 1. En ADN circular, el corte tras la última base conecta con la primera.

Se buscan ambas hebras, incluidos sitios solapados. En un círculo, los motivos pueden cruzar el final, pero no superar la longitud de la molécula. Los sitios palindrómicos se muestran una vez. En motivos propios asimétricos, + es la orientación introducida, − su complemento inverso y ± ambas en el mismo inicio.

Motivos propios

Usa 1–32 símbolos IUPAC de ADN: R=A/G, Y=C/T, S=G/C, W=A/T, K=G/T, M=A/C, B=C/G/T, D=A/G/T, H=A/C/T, V=A/C/G y N=cualquier base. Estos motivos solo definen reconocimiento, sin desplazamiento de corte. No influyen en los tamaños de los fragmentos.

Digestión

Las enzimas seleccionadas forman una digestión combinada. Los límites de corte idénticos se cuentan una vez. La tabla agrupa longitudes iguales e indica su cantidad; las longitudes siguen la hebra introducida. Sin cortes enzimáticos queda una molécula completa. Un corte en un círculo da un fragmento lineal de longitud completa. CSV exporta todos los sitios, motivos seleccionados sin sitios y cada fragmento individual, independientemente de la página visible.

Límites

Máximo {hits} sitios, mostrados en grupos de 20. No se modelan metilación, actividad estrella, condiciones de reacción, eficacia, química de extremos ni migración en gel. Los extremos distintos de las dos hebras se reducen a la convención de longitud de la hebra introducida, sin predecir la química exacta del fragmento de doble hebra.