Aminosäure- & Peptid-Explorer

Analysiert wird ein unmodifiziertes lineares Peptid aus 1–500 Standardaminosäureresten. Das Format wird ausdrücklich gewählt: Einbuchstabencodes erlauben Buchstaben und Leerraum; Dreibuchstabencodes erlauben zusammenhängende Triplets oder durch Leerraum beziehungsweise Bindestriche getrennte Gruppen. Jede Gruppe muss vollständige Triplets enthalten. Unbekannte Reste und andere Zeichen werden mit ihrer Position in der ursprünglichen Eingabe gemeldet. FASTA-Kopfzeilen, modifizierte Reste und mehrdeutige Codes werden nicht unterstützt.

Die mittlere Masse ist die Summe der mittleren Restmassen von SIB/ExPASy plus ein Wassermolekül (18,01524 Da). Das Modell hat freie, unblockierte Endgruppen und berücksichtigt keine Disulfidbrücken, Modifikationen oder weiteren Ketten. Das Beispiel Insulin A ist eine isolierte, unmodifizierte Kette.

Die Ladung entsteht aus unabhängigen Henderson–Hasselbalch-Gruppen: Der erste Rest liefert den pKa des N-Terminus, der letzte den des C-Terminus; jede ionisierende Seitenkette trägt zusätzlich bei. Die Werte stammen aus OpenStax-Tabelle 26.1 für freie Aminosäuren. Peptid-Endgruppen können andere pKa-Werte haben; auch Faltung und lokale Wechselwirkungen verändern die reale Ladung. Dies ist eine Lehrnäherung, keine kalibrierte Protein-pI-Vorhersage. Der pI ist eine eingeklammerte Nullstelle der Modellladung bei pH 0–14. Zu den sauren Seitenkettengruppen gehören die schwachen Säuren Cys und Tyr; die Klasse bedeutet nicht, dass sie bei jedem pH negativ geladen sind.

Kyte–Doolittle-Werte beschreiben die relative Hydropathie. Der Gesamtmittelwert verwendet die ganze Sequenz, die Kurve nur vollständige Fenster. Gerade Fenster sind zwischen Resten zentriert. Bei einem Fenster größer als die Sequenz gibt es keine Kurve. Die Werte belegen weder einen membranüberspannenden Abschnitt noch eine dreidimensionale Struktur.

Nach Änderungen an Sequenz, Format oder Fenster erneut analysieren. Die pH-Eingaben ändern danach nur Ladung und Markierung; Masse, pI und Zusammensetzung bleiben erhalten. Es wird kein Sitzungszustand gespeichert.