Structures et diagramme de Ramachandran

Chaque point représente un résidu. Ses angles φ/ψ sont calculés à partir des coordonnées du squelette et des voisins. Les exemples sont des structures réelles de RCSB PDB, pas des simulations de repliement.

Utilisation

Ouvrez un exemple ou un fichier PDB/mmCIF non compressé (20 Mo maximum). L’analyse locale indique sa progression et peut être annulée. Filtrez par chaîne et classe, puis cliquez sur un point ou choisissez un résidu. Le CSV contient la sélection. Le fichier n’est ni envoyé à un serveur ni conservé dans le stockage du navigateur.

Références et limites

Les fonds proviennent des grilles Top8000 du Richardson Lab. Les niveaux 0,02 et 0,002 donnent les contours 98 % et 99,8 %, sur la grille originale de 2°. Ce ne sont pas les seuils de validation propres à chaque classe de MolProbity. Aucune étiquette de validité n’est attribuée. Les classes mélangées n’ont pas de fond.

Seul le premier modèle est analysé. Les acides aminés standards, MSE, SEC et PYL sont reconnus. Une conformation alternative cohérente de plus forte occupation cumulée est choisie. Atomes absents ou d’occupation nulle, ruptures, extrémités et angles indéfinis sont omis. Les liaisons C–N doivent mesurer 0,8–1,8 Å. Pour la proline, cis signifie |ω précédent| < 90°. Pré-proline désigne le résidu juste avant une proline, hors glycine et proline. Isoleucine et valine ont leur propre référence.

Données : Richardson Lab, Duke University, CC BY 4.0. Williams et al. (2018). Ce visualiseur ne remplace pas un rapport complet de validation.