Arbre phylogénétique 3D
Construisez un arbre non enraciné par neighbor joining à partir d’une matrice de distances, explorez ses vues 2D/3D et exportez-le en Newick.
À propos de cet outil
Le neighbor joining construit un arbre de distances pour 3–8 taxons nommés. Les exemples de primates et d’oiseaux utilisent des distances inventées, pas des mesures évolutives. L’exemple exact à quatre taxons regroupe A/B et C/D : les branches terminales valent 1 et la branche interne 2.
Les noms suivent l’ordre des lignes et colonnes. Saisissez un nom unique par ligne, de 40 caractères maximum, et une ligne complète de distances par ligne de matrice. Séparez les colonnes par des espaces ou des points-virgules. Le point, la virgule décimale et la notation scientifique sont acceptés ; la virgule ne sépare pas les colonnes. Les distances sont finies, positives ou nulles, jusqu’à 1 000 000. La matrice est symétrique et sa diagonale exactement nulle. Modifier un champ passe aux données personnelles et efface l’ancien résultat ; la construction utilise toujours les champs actuels.
L’arbre est non enraciné : il ne suppose ni horloge moléculaire, ni temps évolutif, ni ancêtre déduit. Le nœud central à trois branches sert seulement au dessin. Les deux vues étiquetées représentent la topologie : les espacements géométriques ne sont pas proportionnels aux longueurs calculées. Les détails donnent toutes les branches terminales et internes dans les unités de la matrice. Le RMSE compare les distances de chemin reconstruites à toutes les distances saisies ; zéro à l’arrondi près indique un ajustement exact.
Des distances non additives peuvent produire des branches négatives. Elles sont signalées et conservées dans les détails et l’export, sans être ramenées silencieusement à zéro. Ce diagnostic ne représente pas une évolution biologiquement négative. Les égalités sont départagées selon l’ordre de saisie ; un autre ordre peut choisir une topologie de même score.
La vue 2D fonctionne sans WebGL. En 3D, glissez pour tourner et utilisez Ctrl/Meta avec la molette pour zoomer ; la molette seule fait défiler la page. Il n’y a pas de rotation automatique. Newick exporte l’arbre complet avec noms, longueurs et marqueur non enraciné. Les noms sont entre guillemets simples et leurs apostrophes sont échappées. Effacer le résultat conserve les champs ; les liens enregistrés et le rechargement reprennent uniquement des entrées valides.
Des entrées personnelles très volumineuses peuvent dépasser la limite de l’état enregistré. Elles restent utilisables dans la session, mais peuvent nécessiter une nouvelle saisie après rechargement.