Visualiseur de molécules

Visualiseur de molécules

Choisissez un exemple ou recherchez un nom, une formule brute ou un CID PubChem. SMILES: CCO désigne l’éthanol ; le type se choisit aussi dans Options. Une formule ne définit ni les liaisons ni la stéréochimie : C2H6O peut être l’éthanol ou l’éther diméthylique. Choisissez le bon résultat. La recherche SMILES utilise les structures existantes de PubChem, sans générer de nouvelles géométries.

Explorer et mesurer

Glissez pour tourner ; pincez, utilisez les boutons ou Ctrl/⌘ + molette pour zoomer. Options propose les styles, l’hydrogène, les étiquettes, l’import et l’export, et les mesures de distance (2 atomes), angle (3) et torsion signée (4). Cliquez les atomes dans l’ordre ou utilisez la liste. La sélection recommence après le nombre requis. Coordonnées et distances en Å.

Limites et données

Les conformères 3D PubChem sont calculés, non mesurés. En l’absence de 3D, la structure 2D est explicitement signalée ; elle ne fournit pas de géométrie spatiale pertinente. Import : premier modèle, 2 Mo, 2000 atomes. Les liaisons déduites des fichiers XYZ/PDB peuvent être approximatives. L’option hydrogène masque les atomes sans en créer. Les sphères représentent des rayons de van der Waals, pas une densité électronique.

La recherche envoie la requête à PubChem. Les exemples sont locaux ; les fichiers importés restent dans le navigateur sans stockage persistant. Rendu WebGL avec 3Dmol.js (BSD).