Visor estructural de Ramachandran

Cada punto representa un residuo. Sus ángulos φ/ψ se calculan a partir de las coordenadas del esqueleto y sus vecinos. Los ejemplos son estructuras reales de RCSB PDB, no simulaciones de plegamiento.

Uso

Abre un ejemplo o un archivo PDB/mmCIF sin comprimir (hasta 20 MB). El análisis local muestra su progreso y permite cancelarlo. Filtra por cadena y clase, y pulsa un punto o elige un residuo. El CSV contiene la selección. El archivo no se envía a un servidor ni se guarda en el almacenamiento del navegador.

Referencias y límites

Los fondos proceden de las rejillas Top8000 del Richardson Lab. Los niveles 0,02 y 0,002 representan contornos del 98 % y 99,8 %, conservando la rejilla de 2°. No son los umbrales de validación específicos de cada clase de MolProbity. No se asignan etiquetas de validez. Las clases mezcladas no tienen fondo.

Solo se analiza el primer modelo. Se admiten aminoácidos estándar, MSE, SEC y PYL. Se elige una conformación alternativa coherente con la mayor ocupación sumada. Se omiten átomos ausentes o de ocupación nula, roturas, extremos y ángulos indefinidos. Los enlaces C–N deben medir 0,8–1,8 Å. En prolina, cis significa |ω anterior| < 90°. Pre-prolina es el residuo justo antes de prolina, excepto glicina y prolina. Isoleucina y valina tienen su propia referencia.

Datos: Richardson Lab, Duke University, CC BY 4.0. Williams et al. (2018). Este visor no sustituye un informe completo de validación.