Árbol filogenético 3D
Construye un árbol sin raíz mediante neighbor joining a partir de distancias, explora las vistas 2D/3D con etiquetas y expórtalo en Newick.
Acerca de esta herramienta
Neighbor joining construye un árbol de distancias para 3–8 taxones con nombre. Los ejemplos de primates y aves usan distancias inventadas, no mediciones evolutivas. El árbol exacto de cuatro taxones agrupa A/B y C/D: las ramas terminales miden 1 y la interna 2.
Los nombres siguen el orden de filas y columnas. Escribe un nombre único por línea, de hasta 40 caracteres, y una fila completa de distancias por línea de matriz. Separa las columnas con espacios o punto y coma. Se admite punto, coma decimal y notación científica; la coma no separa columnas. Las distancias deben ser finitas, no negativas y de hasta 1 000 000. La matriz debe ser simétrica, con diagonal exactamente cero. Editar cualquier campo cambia a datos propios y borra el resultado anterior; construir siempre utiliza los campos actuales.
El árbol es sin raíz: no presupone reloj molecular, tiempo evolutivo ni un ancestro inferido. El nodo central de tres ramas es solo una elección de dibujo. Ambas vistas muestran la topología con etiquetas: las separaciones en pantalla no son proporcionales a las longitudes calculadas. Los detalles contienen todas las ramas terminales e internas en las unidades de la matriz. El RMSE compara las distancias reconstruidas por los caminos del árbol con todas las distancias de entrada; cero dentro del redondeo indica un ajuste exacto.
Las distancias no aditivas pueden producir longitudes negativas. Se señalan y se conservan en los detalles y la exportación, sin sustituirlas silenciosamente por cero. Es un diagnóstico de las distancias, no evolución biológicamente negativa. Los empates se resuelven según el orden de entrada; otro orden puede seleccionar una topología con la misma puntuación.
La vista 2D no requiere WebGL. En 3D, arrastra para girar y usa Ctrl/Meta más la rueda para ampliar; la rueda sola desplaza la página. No hay rotación automática. La exportación Newick incluye el árbol completo, nombres, longitudes y un marcador sin raíz. Los nombres se entrecomillan y los apóstrofos se escapan. Borrar resultado conserva los campos; los enlaces guardados y la recarga restauran solo entradas válidas.
Los datos propios muy extensos pueden superar el límite del estado guardado. Siguen funcionando durante la sesión, pero quizá deban introducirse de nuevo tras recargar.