Ramachandran-Strukturbetrachter

Jeder Punkt steht für einen Aminosäurerest in einem Koordinatenmodell. φ und ψ werden aus seinen Rückgratatomen und denen seiner Nachbarn berechnet. Die Beispiele enthalten echte Strukturen aus der RCSB PDB; dieses Tool simuliert keine Proteinfaltung.

Bedienung

Beispiel wählen oder eine unkomprimierte PDB/mmCIF-Datei öffnen (maximal 20 MB). Die Analyse läuft lokal mit Fortschrittsanzeige und Abbruchmöglichkeit. Kette und Restklasse auswählen. Einen Punkt anklicken oder den Rest über die Auswahlliste wählen, um Identität und Winkel abzulesen. CSV exportiert die aktuelle Auswahl. Hochgeladene Inhalte werden weder an einen Server übertragen noch im Browserspeicher abgelegt.

Referenzkonturen

Der Hintergrund stammt aus den Top8000-Perzentilrastern des Richardson Lab. Dunkle und helle Flächen verwenden die Stufen 0,02 und 0,002 (98-%- und 99,8-%-Konturen). Das ursprüngliche 2°-Raster bleibt erhalten. Diese einheitlichen Darstellungsstufen sind nicht die klassenspezifischen MolProbity-Prüfgrenzen; das Tool bewertet Punkte daher nicht als gültig oder als Ausreißer. Bei gemischten Restklassen wird kein Hintergrund angezeigt.

Geometrie und Grenzen

Es wird nur das erste Koordinatenmodell analysiert. Unterstützt sind die Standardaminosäuren sowie MSE, SEC und PYL. Bei alternativen Positionen wird eine zusammengehörige Rückgratkonformation mit der höchsten summierten Besetzung gewählt; gemeinsame Atome können verwendet werden. Fehlende Atome, Besetzung null, Kettenbrüche, Endreste und nicht definierte Winkel werden ausgelassen. Der Abstand einer Peptidbindung C–N muss 0,8–1,8 Å betragen. Die Prolinklasse richtet sich nach dem vorangehenden ω-Winkel (cis bei |ω| < 90°). Vor-Prolin bezeichnet den direkt vor Prolin liegenden Rest, ausgenommen Glycin und Prolin. Isoleucin und Valin haben eine eigene Referenz. Ein Punkt außerhalb der Konturen beweist allein keinen Strukturfehler.

Quelle: Williams et al. (2018), MolProbity. Daten: Richardson Lab, Duke University, CC BY 4.0. Dies ist ein unabhängiger Betrachter, kein vollständiger MolProbity-Prüfbericht.