Stammbaum 3D
Unverwurzelten Neighbor-Joining-Baum aus einer Distanzmatrix berechnen, beschriftet in 2D/3D betrachten und als Newick exportieren.
Über dieses Tool
Neighbor Joining berechnet einen Distanzbaum für 3–8 benannte Taxa. Primaten und Vögel verwenden erfundene Beispieldistanzen, keine gemessenen Evolutionsdaten. Das exakte Vier-Taxa-Beispiel besitzt einen bekannten additiven Baum: A/B und C/D bilden zwei Paare, die Endäste haben Länge 1 und der innere Ast Länge 2.
Namen und Matrixzeilen/-spalten haben dieselbe Reihenfolge. Pro Zeile einen eindeutigen Namen mit höchstens 40 Zeichen und pro Matrixzeile alle Distanzen eingeben. Spalten durch Leerzeichen oder Semikolon trennen. Dezimalpunkt, Dezimalkomma und wissenschaftliche Schreibweise sind erlaubt; Kommas sind keine Spaltentrenner. Distanzen müssen endlich, nichtnegativ und höchstens 1.000.000 sein. Die Matrix muss symmetrisch sein und exakt 0 auf der Diagonale haben. Jede Bearbeitung schaltet auf eigene Daten und entfernt das alte Ergebnis; Baum berechnen verwendet immer die aktuellen Felder.
Das Ergebnis ist unverwurzelt: Es unterstellt weder molekulare Uhr, Evolutionszeit noch einen ermittelten Vorfahren. Der zentrale Dreierknoten ist nur eine Darstellungswahl. Beide beschrifteten Ansichten zeigen die Topologie: Gezeichnete Längen und räumliche Positionen sind nicht proportional zu berechneten Astlängen. Unter Astlängen stehen alle äußeren und inneren Äste in den Einheiten der Eingabematrix. RMSE vergleicht rekonstruierte paarweise Pfadlängen mit den Eingabedistanzen; bis auf Rundung 0 bedeutet, dass die Distanzen zu diesem Baum passen.
Nichtadditive Distanzen können negative Astlängen ergeben. Diese werden kenntlich gemacht und unverändert in Details und Export erhalten, statt sie heimlich auf 0 zu setzen. Sie sind ein Hinweis auf die Distanzschätzung und keine biologisch negative Evolution. Gleichstände werden deterministisch nach Eingabereihenfolge aufgelöst; eine andere Reihenfolge kann eine gleichwertige Topologie auswählen.
2D funktioniert ohne WebGL. In 3D dreht Ziehen die beschriftete Ansicht; Ctrl/Meta und Mausrad zoomen, das normale Mausrad scrollt die Seite. Der Baum rotiert nicht automatisch. Newick exportieren lädt den vollständigen Baum mit Namen, Astlängen und Kennzeichnung ohne Wurzel herunter. Namen werden in Anführungszeichen gesetzt und Apostrophe escaped. Ergebnis leeren behält die Eingaben. Gespeicherte Links/Reload übernehmen nur gültige Eingaben, keinen laufenden Renderer.
Sehr umfangreiche eigene Eingaben können die Größe des gespeicherten Seitenzustands überschreiten. Sie bleiben in der Sitzung nutzbar, müssen nach Reload aber gegebenenfalls erneut eingegeben werden.