Molekül-Viewer

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Beispiel wählen oder nach Name, Summenformel oder PubChem-CID suchen. SMILES: CCO steht für Ethanol; den Eingabetyp kannst du auch unter Optionen wählen. Eine Summenformel legt Bindungen und Stereochemie nicht fest: C2H6O kann Ethanol oder Dimethylether sein. Deshalb den passenden Treffer auswählen. Namen und SMILES werden in PubChem nachgeschlagen; beliebige neue SMILES werden nicht in 3D umgerechnet.

Erkunden und messen

Ziehen dreht das Molekül. Zoomen mit zwei Fingern, den Zoomtasten oder Strg/⌘ plus Mausrad. Optionen bieten vier Darstellungsstile, Wasserstoff und Labels, Dateiimport, Bild-/Strukturexport sowie Abstand (2 Atome), Winkel (3) und vorzeichenbehaftete Torsion (4). Atome der Reihe nach anklicken oder per Liste und Atom auswählen bestimmen. Nach der erforderlichen Anzahl beginnt eine neue Auswahl. Koordinaten und Abstände sind in Å.

Quellen und Grenzen

PubChem-3D-Konformere sind berechnete Koordinatenmodelle, keine Messungen oder Faltungssimulationen. Fehlt ein 3D-Datensatz, wird eine deutlich markierte 2D-Struktur angezeigt. Messungen beschreiben die angezeigten Koordinaten; flache Strukturen liefern keine sinnvolle räumliche Geometrie. Dateiimport: erstes Modell, maximal 2 MB und 2000 Atome. Abgeleitete Bindungen (etwa bei XYZ/PDB) können Näherungen sein. Wasserstoff wird nur ein-/ausgeblendet, fehlende Atome werden nicht ergänzt. Kalotten verwenden konventionelle van-der-Waals-Radien und zeigen keine Elektronendichte.

Erst beim Suchen wird die Eingabe an PubChem gesendet. Beispiele sind lokal enthalten. Importierte Dateien bleiben im Browser und werden nicht im Browserspeicher gespeichert. WebGL-Darstellung mit 3Dmol.js (BSD).